Naturellement ça l'est. C'est une question de temps d'avoir un héritier naturel des deux branches de la famille, sans qu'il n'y ait rien d'incestuel pour autant.
J'imagine vu l'ère à laquelle se déroule Naruto que tu dois passer une génération tous les 20 ans. En 100 ans, 4 générations séparent 2 personnes d'une ascendance commune par exemple. Une certaine distance généalogique permet de s'affranchir de l'incestualité de l'union, donc deux descendants éloignés de chacune des branches issues du Rikudo Sennin peuvent très bien s'unir pour avoir un enfant héritier des 2 frères à la fois. Il y a forcément un brassage génétique et culturel à prendre en considération, mais c'est loin d'être impossible (Nagato ?).
Je sais plus de quelle époque vient le Rikudo Sennin, mais je pense que depuis de l'eau a bien dû couler sous les ponts.
Après y'a ceux qui s'amusent à s'incruster des yeux d'Uchiha, des autres qui se font des shoots de Senju,... Ca reste une oeuvre de fiction, c'est plus régit par la logique de l'auteur que par des règles universelles, d'autant plus qu'il s'agit d'un shonen.